一、营业税
应全面自查各项应税收入是否未缴、少缴、或未按时缴纳营业税。具体自查项目应至少涵盖以下内容：
1.债券投资收入是否按税法规定缴税。现行银行的债券投资一般由总行集中操作，分为人民币债券和外币债券两类，其投资收入包括买卖损益和利息收入两部分。目前银行大多仅就人民币债券买卖损益的部分缴纳了营业税，人民币债券中利息收入和外币债券的买卖损益与利息收入均未缴纳营业税。按照现行营业税政策规定，银行总行在境内利用总行资金进行外币债券投资，对其买卖债券取得的收入应照章征收营业税;对其持有金融债券到期利息收入不征收营业税，对其持有非金融债券到期利息收入照章征收营业税。此外，对于未持有到期债券业务投资收益，买卖债券持有期间的利息收入也应该按税法规定纳税。
2.是否将一般贷款业务混为转贷业务核算，差额缴纳营业税，少计计税营业额，或不按权责发生制原则缴税。
3.委托贷款业务收入是否按规定缴税，收到的利息是否代扣代缴营业税，有无按减除手续费后的差额计税的问题。
4.贴现收入是否按规定缴税，有无未缴税、减除转贴现收入缴税、转贴现支出冲减票据贴现收入、转贴现支出冲减递延收益、贴现利息收入递延入账、以及票据转贴现返利等未按规定缴税问题。
5.中间业务收入是否存在未缴税，或有的中间业务收入存在冲减回扣、返佣支出后计手续费收入缴税的问题。
6.是否存在将atm、pos机手续费收入冲减支付银联费用或pos机租金后缴税的问题。
7.是否存在销售不动产少缴营业税的问题，或存在出租房屋、厂房、机器设备、抵债资产变现收入未缴营业税问题。
8.是否存在将收取的邮电费、印刷费、支票工本费冲减业务费用未缴、少缴营业税问题。
9.是否存在收取客户信用卡透支罚款、罚息等收入未缴、少缴营业税问题。
10.是否存在银行受托理财业务收取的手续费收入未按照规定纳税问题。
11.是否存在扩大金融机构往来范围，将非同业利息收入记入同业利息收入问题。
12.是否存在将代保管收入、咨询收入、结算手续费收入、代办保险、按揭手续费收入等不计少计营业额问题。
13.是否存在代收电话、水、电、气、信息费等项目，取得的业务收入未按税法规定缴纳营业税的问题。
14.是否存在以银行工会的名义向贷款户收取管理费或赞助费未缴纳营业税问题。
15.是否存在资金业务项目亏损轧抵后申报营业税问题。
16.是否存在分行从总行取得的各项税前分成收入计入内部往来未缴营业税问题。
二、企业所得税
应全面自查各项应税收入是否按税法规定缴税，各项成本费用是否按照所得税税前扣除办法的规定税前列支。具体自查项目应至少涵盖以下问题：
1.有无未按所得税权责发生制原则缴税的问题。
2.有无使用不符合税法规定的发票，进行费用列支的问题。
3.有无工资及“三费”等未按照税法规定的标准，进行计提和调整的问题。
4.是否存在资金业务、金融衍生产品业务，未按照会计核算方法进行正确估值的，造成少缴税款的情况。
5.有无固定资产未按税法规定计提折旧，或固定资产的净残值率及电子类设备折旧年限与税收规定有差异的，未进行纳税调整。
6.是否扩大计提范围，多计提呆账准备金。
7.业务招待费、业务宣传费、广告费是否按税法规定进行计提和使用。