行政效能监察是促进政府实现管理制度创新的有效机制，是实践“三个代表”重要思想的具体体现。面对入世与深化改革的新要求、新任务，加强行政效能监察工作，当前要着重解决三个方面的问题。
一、思想认识上要解决两个主体到位问题。一是行政效能监察的主体，即行政监察机关。行政监察机关要把开展行政效能监察作为重要任务，以优化执法环境和服务环境为目标，针对行政行为中群众反映强烈、损害政府形象、破坏发展环境的突出问题，认真发挥监督执纪职能。通过行政效能监察，把监督执纪延伸到行政管理的各个领域和环节，及时发现不良行政行为和管理中的漏洞及薄弱环节，对行政不作为以及“生、冷、推、托、顶”等不规范行为提出监察建议，督促行政机关改善管理，依法行政，提高工作效率和质量。要加大监督执纪力度，认真受理群众投诉和举报;对行政机关在遵守和执行法律、法规、决定、命令中的问题，主动立项检查;对需要追究有关人员政纪责任的，及时进行立案调查。对出现的违法行政行为和违纪问题，要按有关规定予以惩处;对一些典型案例，要公开曝光，坚决纠正有令不行、有禁不止的现象。同时，要努力提高行政监察干部的素质，不仅要具备良好的政治素质、心理素质、查案能力，还必须掌握全面的行政管理知识和不同行政机关行政管理的内在规律，以适应政府职能转变的迫切需要。二是行政效能的主体，即国家行政机关及各职能部门。要提高行政效能，既要靠监督的外部压力，更要靠在政府领导下，充分发挥行政机关及各职能部门在改革中不断创新体制、机制的主动性、积极性。随着政府职能的转变、机构编制的优化和行政运行机制的疏通，新的岗位职责的科学定位和规范都有待于各行政机关去研究和探索。因此，各级行政领导及工作人员要切实树立起维护大局、保证国家政令畅通的政治意识;依法行政、让人民群众满意放心的责任意识;较小的资源耗费达到最优的行政目的的成本意识;主动接受监督的自律意识，不断提高行政管理的科学化、法制化、现代化水平。
二、组织领导上要解决体制机制问题。要把行政效能监察作为从严治政、加强行政管理和监督的必要环节，纳入政府总体工作中，作为政府机关年度工作目标考核的内容和标准之一。要建立由政府行政领导牵头，行政监察机关与各业务部门负责人参加的联席会，定期研究部署、调度检查工作落实情况。行政监察机关要提出开展行政效能监察工作的明确意见和规定，对行政效能监察的方法、原则、重点内容、主要形式以及有关评议、投诉、结果的运用提出明确要求;要设计并组织上下之间、部门之间、政府与社会之间，形成纵横联动、规范运作、同步实施、整体推进的工作运行机制，从而为开展行政效能监察工作提供可靠保证。
三、工作运行上要解决制度保障问题。行政效能监察工作开展时间不长，还处于探索和起步阶段。因此，深入研究机制、制度上存在的问题，不断健全和完善效能监察工作的制度，是做好行政效能监察工作的必由之路和基础工作。在过去的实践中，各级行政机关逐步建立了一系列保证行政管理各项工作环节衔接、高效运转、公开透明、责任明确、行为规范的行政监督的规章制度。比如，首问责任制、岗位目标责任制、政务公开制、服务承诺制、限时办结制、效能考评制以及行政过错责任追究制等。这些制度都有待于进一步科学化和法定化，并全面推广。要以制度管人理事，通过制度化，促进行政效能监察运行机制的科学化。