目前，非居民企业预提所得税税收征管在税收政策上及日常税收执行中遇到了一些问题和难点，给税收征管带来一定压力。
一、税收政策上存在的几个难点
1、纳税义务发生时间界定难。《企业所得税法》第三十七条规定：税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。此条规定在实际操作中，往往比较难于掌握。到期应支付的款项，是指企业支付人按照权责发生制原则应当计入相关成本、费用的应付款项。在实际操作中当企业未按规定列支成本、费用也未支付时是否要扣缴。又如：离岸股权转让往往采取“一次合同，分期支付”的方式进行结算。那么，如何确认其纳税义务发生时间和相应的税款缴纳时间？是按合同签订后第一次付款时间、被投资企业股权变更时间还是按每次实际付款时间？况且在实际经济往来中，很多支付形式是非货币形式，如非居民通过实物或者劳务形式取得技术使用权的回报、关联企业之间的债务重组等，对于此种情形，纳税义务发生时间的确定存在一定困难。
2、预提所得税的计税依据界定难。
⑴收入确定难。《税法》第十九条规定：非居民企业取得企业所得税法第三条第三款规定的股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得，以收入金额为应纳税所得额；转让财产所得以收入金额减除财产净值后的余额为应纳税所得额。在实际征收过程中，问题并不是如此简单。如支付特许权使用费，很多企业是以销售收入的一定比例来计提支付，那么这个计提比例是否恰当？所提供的专用权等是否具有一定的时效性等值得研究。另外如外国企业转让国内企业股权，很多是关联企业之间的股权转让，通常存在转让的价格不真实、零价格转让或低价转让等问题，转让收入难以确定。
⑵成本确定难。这个问题主要体现在财产转让所得上，其中以股权转让尤为突出。股权转让成本即股权转让所得的扣除数，是影响企业所得税计算的一项关键因素。由于股权转让成本是一个历史概念，以外币投资形式的原始投资额是用历史汇率还是以现时汇率计算转让成本？另外，股本成本价是指股东投资入股时企业实际支付的出资金额，或收购该项股权时该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。如其中的资本公积金有的已完税、有的未完税，是否不加区分一并扣除？还是有选择地扣除，或是根本不予扣除？目前尚无统一标准。
3、预提所得税的申报和征收界定难。《税法》第三十七条、第三十九条规定：对非居民企业取得本法第三条第三款规定……追缴该纳税人的应纳税款。上述规定对于特殊情况可能无法发挥作用，如离岸股权转让双方均是外国企业，转让行为一次发生，交易活动一次结算，让受让方履行扣款义务很不现实，由纳税人自行申报或税务机关追缴申报也很难做到。
4、预提所得税的征收对象界定难。部分非居民企业既没有在当地登记注册，也没有经营场所，要找到这些企业并对其实施有效的税收监管非常困难，漏征失管的现象在所难免。
二、日常税收征管中遇到的几个问题
1、合同无中文版本。支付单位多数提供的合同为全英文版本，还有日文、德文、法文等。由于合同中许多关键用语均为专业词汇，审核人无法读懂，即使纳税人应税务机关要求提供了翻译稿，但由于不是正式文本，不能承担相同于正式合同的责任，因此可信度也不高。
2、提供假合同。有部分企业在开具证明时发现该行为应征税时，立即回到公司，重新打印一份免税行为的合同。由于国外公司不需盖公章，只要在外方位置签一个外文名即可，因此，税务机关无法依据合同来判断该合同内容的真伪。更有甚者，将应税收入以“化整为零”的方式逃避监管，不履行纳税义务。
3、“事后申请”。大多数企业是在履行完合同或付款时才到税务机关办理涉税事宜，这种“事后申请”给税务机关的取证造成一定的困难，无法准确确定应纳税金额。
4、常设机构偷逃税款。一些外国企业在中国境内设立了代表机构为境内企业提供劳务，但合同以总公司名义签订，收款也由总公司收取，从而将其常设机构的收入转为境外总公司的收入，偷逃税款。审核人员在开具证明时很难了解业务的实质，只能根据纳税人提供的合同为其开具证明。
三、加强预提所得税税收管理的几点措施
鉴于上述情况，我们认为，应高度重视非居民企业预提所得税的征管，通过实施“个案分析、个别巡查走访、个性调研服务、个案评估检查”的“四联动”，深化非居民企业预提所得税的长效管理，确保国家税款的安全和税收秩序的规范。具体可采取以下多种措施：
1、扩大监控面，强化对辖区内非居民企业税源信息的收集。主管税务机关应及时将非居民企业税收征管纳入责任区日常管理范畴，扩大监控面，寻找有效税源，实施源泉控制，着力解决户籍不明、税源不清的问题。通过细分税管员的管理责任，对辖区内的非居民企业进行“点对点”的全面普查，全面掌握并建立纳税人信息库，重点调查其在境内未设立机构而是否有来源于辖区的应税收入信息情况，重点关注扣缴义务人应税收入的支付情况，挖掘隐性税源，防止税款流失。
2、夯实管理基础，全面实施纳税人事前备案登记制度。要规范纳税人的纳税行为，实施纳税人事前备案登记制度。要求境内机构、扣缴义务人将发生的应税支付项目、支付金额、支付对象、以及支付对象是否构成常设机构的举证、签订的相关合同文本（中、英文双语对照）等征管要素如实报税务机关事先备案，并建立企业付汇台账备查。
3、动静结合，实现税源的科学、细致和深度管理。一方面，税务责任区要将预提所得税及时纳入日常税源监管范围，通过落实管理员实地巡查，弄清情况、定期分析细比对、月度（季度）指标严监控、年度汇缴勤把关等综合性联动管理措施，实施税前、税中、税后的全程动态管理，提高应税行为和纳税申报的真实性、及时性和准确性。另一方面，办税服务厅征收窗口要强化对预提所得税申报征收的书面审核。对纳税人提交的企业所得税报告表进行审查，尤其要对征免界限的划分、适用税率、纳税义务发生时间、计税依据、相关证明资料等内容进行把关和比对，登记售付汇分类台账并将征收信息传递责任区管理员以加强后续跟踪管理，确保窗口静态管理向责任区动态管理的延伸。
4、交换情报，加大评估和检查的工作力度。在管理员实地考察核查的基础上，切实加强对有疑点或有异常的支付项目逐级实施情报交换，以堵塞漏洞。与此同时，要从扣缴义务人、境内机构两个层面上开展对非居民企业预提所得税的个案专项评估和检查。要立足分析巡查相结合，立足案头评估与实地评估相结合，立足日常评估与汇缴相结合，立足评估与稽查相结合，立足评估检查与事后整改相结合，着力解决申报信息不实问题，有效化解征管难点、疑点和盲点，充分发挥纳税评估“以评促管”的功效，充分发挥稽查打击力度，切实维护税收的公正性。
5、部门协调，开展与相关职能部门的联动办税。建立健全协税护税网络组织体系，畅通与地税、外经贸局、招商局、支付银行、外管局等部门的协作和沟通，优势互补，及时获取设立开业、合同签定、资金支付、业务发生等第三方信息，形成合力，齐抓共管，放大管理效应，不断拓展治税空间。
6、优化服务，营造和谐互动的征纳关系。对外，结合新所得税税法的贯彻实施，依托“税企恳谈”、“税法解读”、“重点企业走访”等服务平台，提前介入，通过现场办税、现场咨询、现场问政、现场解决问题等多种形式，进一步加大税收政策的宣传力度，有针对性开展纳税提醒，提高税法的遵从度；对内，加强干部的专业知识和业务操作技能培训，提高干部非居民企业税收管理水平。
7、理论联系实际，注重对税收政策的调研管理。鉴于目前税收政策上尚存在的不明确性，建议上级局对相关税收政策进行专题调研，明确特殊情况下的税收政策的执行，如：离岸股权转让的纳税义务时间；支付特许权使用费的计税依据；股权转让的成本；境内被投资企业履行扣缴义务等，从而使税收政策更趋合理、完善，更切合税收工作的实际。