村级组织是党和政府联系农民的桥梁和纽带，是全面建设社会主义新农村、构建农村和谐社会的组织者和依靠力量。但是，随着农村改革的不断深化和农村各项政策的调整，大部分村级组织运转渐趋艰难，捉襟见肘的村级财力、繁重的工作任务和纷繁复杂的农村各类矛盾，严重制约着农村经济和各项事业的发展。村级组织运行中的主要困难和问题表现在：
一是村级收支平衡难。取消农业税后，村级组织运转资金主要来自于上级财政转移支付，但有限的资金远远满足不了目前村级组织正常运转的需要。据如东县调查，全县297个村中,有31.7的村管理资金透支,有64.5的村基本无村级统一经营收入。村级管理资金中除了支付村干部基本报酬和正常的办公经费外，还有沉重的村干退职补助和养老保险（统筹）补助。开展其他工作如全民创业、招商引资、禽流感等疫病防治、粮食直补落实、征兵、选举等等基本没有相应的经费作支撑，村级组织管理事务越多，经费就越紧张，迫于无奈，村级组织要完成上级下达的的各项事务，只得千方百计负债，有的甚至不惜代价去违纪违规挪用专项资金。村社集体经济早已处于空壳状态，而且这种状态随着时间的推移会日趋严重。二是村级债务化解难。村级债务问题已成为农村问题中的一大焦点、难点。20__年末，如东县村级账面债务为1.17亿元,20__年底,仍有债务1.14亿元。全县债务超过70万元的村28个，50—70万元的村37个，30—50万元的村60个，10—30万元的村111个，5—10万元的村34个，债务5万元以下接近“零债务”的村56个。有的村是旧债未了，新债又增。农村村税费改革前，村级负债可以通过农民上缴的村提留、清收的陈欠和单项集资、摊派来偿还，税费改革后，原有的筹资渠道被切断，能够化解的政策措施已全部用足，绝大多数已是化债无门，今后的化解难度更大。
三是公益事业发展难。农村税费改革后村内生产和公益事业建设资金主要来自于村内事一议筹资筹劳。但真正用于改善农业生产条件的不足50，有的村所筹资金还不够偿还债务，村级生产基础设施投入和公益事业发展的经费严重不足。同时在一事一议筹资筹劳具体操作中，“会难开、事难议、议难决、决难行”的矛盾较为普遍。农业基础设施不足，公益事业发展缓慢，严重制约农村经济发展，影响农村干群关系。
四村干部工作开展难。农业税全面取消后，村干部工作任务仍然繁杂，除要完成带头创业、发展经济、调解矛盾等工作任务外，还要用大量的时间、花费较大的精力去努力完成上级政府交办的其他任务。如代理收取有关款项、招商引资、改水、全民创业、发展有线电视、征兵等等。每一项任务都参与考核，都与报酬挂钩，压得村干部喘不过气来，村干部往往绞尽脑汁，千方百计，百计千方也难以完成，空耗了时间和精力，甚至最后还不得不通过贷款、借钱去垫付。在这种情况下，村干部难以有更多的时间、更多的精力、更多的资金去为群众服务。
农村基层组织运转困难的主要原因是多方面的,有对村级组织运转存在问题认识不足、重视不够问题，有改革配套政策不到位问题，也有目前村级管理体制和运作机制存在的问题。
因此，针对农业税全面取消后村级组织建设中存在的问题，建议各级要理智分析，认真思考，采取切实可行的措施，有效地予以解决，从而保证村级组织的正常运转。
1、加大上级财政对村级的转移支付力度。目前村级资金矛盾十分突出，而培植财源又是一个长期的过程，在村级经济尚不发达且无新的增长点情况下，村级组织既要确保正常运转，化解各类债务，又要进行农村基础建设，自我调节能力十分脆弱，难度很大。建议上级在政策、资金、项目、投入等方面给予大力扶持。在确保村级组织运转资金足额到位的同时，各级财政要划出专项建设资金重点支持村内农业基础投入。国家对农业的补贴今后应逐步向村级组织倾斜，向水利、道路建设为重点的农业基础设施倾斜，拿出具体的政策措施，真正做到财力下倾，缺口上移。
2、完善“一事一议”筹资筹劳政策。农村税费改革后，农村基础资金投入机制发生变化。一事一议筹资筹劳成为村级基础设施建设和公益事业投入的主要途径，因此，建议上级为一事一议筹资筹劳提供刚性有力的政策支持和法律保障。尽快出台真正符合农村实际的一事一议筹资筹劳条例法规，实行依法筹集、民主议决、规范使用。
3、进一步理顺村级管理体制。基层党委、政府要真正转变政府职能，对村级组织实施正确的领导和指导，其主要精力应当用于指导、支持村级组织发展经济、搞好服务上。要取消向村级组织下达的不切实际的经济指标任务，如招商引资、全民创业、协税护税等等，更不能把应当由基层政府和有关职能部门完成的任务，交给村级组织去完成，凭空增加村级组织不应有的负担，甚至掏空村级组织的家底。各级、各部门要切实转换工作职能，转变工作作风，采取综合有效措施为村级组织工作开展创造必要的条件和良好的环境。要合理划分镇村财权、事权，属于村级资金一分钱不截留，不属于村级支出范围的一分线不摊派，需要村级组织服务的要明确责任，不能由村统包统揽，不能把矛盾和难题都甩向基层。否则将会继续步入恶性循环的怪圈，农村税费改革将会前功尽弃。
4、扶持村级经济发展。解决农村税费改革后所面临的问题和矛盾，归根到底是要发展村级集体经济，这是确保村级组织良性运转的根本出路和最佳良策。要研究出台扶持发展村级经济具体的优惠政策，想方设法增加村营收入，如鼓励村级集体经济组织开展土地整理，增加的有效耕地面积由村集体经济组织经营，收入归集体经济组织所有；对村集体经济组织有关项目增加信贷投入，提供税收优惠。对涉农项目开发资金应直接补助到村等。
5、积极探索多种途径发展村级公益事业，努力形成多元化的农村公益事业投入机制。要严格区分自愿捐资与加重农民负担之间的政策界限，对农民直接受益的村组公路、农田水利等基础设施，在农民自愿、民主协商、规范运作的前提下，鼓励农民自力更生，办好、管好自己受益的公益事业。