一、存在问题
(一)职能交叉重叠
派出纪工委监察分局对负责部门(单位)履行着纪检监察的职能，而作为9个设立党委的市直部门(单位)的纪委，对本单位同样履行着纪检监察职能，形成了事实上的职能交叉重叠关系，在教育、监督等工作特别是信访调查、案件初核、案件调查、案件审理等方面，需要进一步划分职能、明确责任、规范程序、理顺关系。
(二)机构设置不配套
对派出机构实行统一管理过程中，保留纪委的9个市直单位中，有3个市直单位监察室被收回，其余6个市直单位中，除公安局设有督查大队，履行着监察职能外，都没有单独设立监察室，形成了只有检查机关、没有监察机构，纪检与监察两种机构设置不配套的状况，削弱了行政监察职能，影响了监督工作的正常开展。
(三)人员配备不足
9个市直单位纪委的人员编制中，除公安局纪委外，其余8个部门(单位)只设纪委书记岗位，没有配备工作人员，同时纪委书记还分管着其他业务工作。由于人员配备不足，无法独立地开展工作，遇有案件查办、监督检查等工作，全靠组织协调其他人员参与完成，难以保证纪检监察工作的顺利开展。而要增设纪委副书记、纪委办公室主任等岗位，又受到人员编制的制约，导致市直单位纪委无法正常的开展纪检监察业务。
(四)自身建设滞后
中纪委等五部委联发的9号、10号文件下发之后，地方县级纪检监察机关建设得到了全面加强，而市直单位纪委一方面处于缺编缺人的困境，另一方面又承担着繁重的反腐倡廉工作任务，成为一个被忽视的区域，在人员编制、干部配备、办公办案装备、经费保障等方面存在的问题更加突出的暴露出来。
二、工作建议
随着反腐倡廉建设的不断深入，特别是按照中央关于“在坚决惩治腐败的同时，更加注重预防、更加注重治本、更加注重制度建设的要求”，直属部门(单位)纪委在预防腐败方面承担的任务更加繁重，发挥职能作用的空间和领域更加宽广，重视和支持直属部门(单位)纪委的自身建设，具有十分重要的意义。针对直属部门(单位)自身建设中存在的问题，提出如下工作建议：
(一)加强市直部门(单位)纪检监察机构建设
在派出纪检监察机构收归直管后，要进一步强化部门(单位)内部监督，加强内设纪检监察机构建设。成立党委的部门(单位)，要在保留纪委的同时，研究解决职务设置和人员配备问题，干部总数超过100人或党员总数超过80人的部门(单位)，要内设监察室，配备监察室主任;增设纪委副书记、纪委办公室主任;干部总数少于100人或党员总数少于80人的综合部门(单位)，要配备专职监察员，保证有2—3名专职纪检监察干部。没有内设纪检监察机构，但涉及人权、事权、财权的重点部门(单位)，要明确1名领导分管反腐倡廉建设，并设置纪检监察联络员，负责具体业务工作的开展，同时接受派出纪工委监察分局的业务指导。
(二)明确划分市直部门(单位)纪委与派出纪工委监察分局的职责权限
明确市直部门(单位)纪委全面负责所在部门(单位)的纪检监察工作，同时接受派出纪工委监察分局的领导和指导。对涉及科级以下干部的信访、初核、立案调查和案件审理，以及其他正常的纪检监察业务，原则上由市直部门(单位)纪委负责，需要纪工委支持配合的，向负责(联系)的纪工委提出;对“三重一大”的决策监督，以及对领导班子及其成员的监督，由纪工委和市直部门(单位)纪委共同负责，涉及需要初核和立案调查的，由纪工委负责，市直部门(单位)纪委配合。