签订就业协议书要遵循以下程序：
第一步，由乙方，即由毕业生填写的自己的相关消息。要如实填写，要与毕业生资格审查时认定的信息资料相一致。其中专业名称必须与学校设置的专业名称完全一致，不能简写。填写后交给甲方。
第二步，由甲方，即由用人单位填写相关信息和签署约定条款。用人单位信息中的单位名称要与用人单位有效印鉴上的名称一致;档案转寄地址，要写清楚用人单位的人事保管单位的全称和地址，无人事档案保管权的单位应填写其委托保管档案的地址;入户地址，即户口迁移地址，要明确填写;双方约定的条款细则要写清晰具体;“用人单位或人事部门签章”，不得缺项。
第三步，用人单位上级主管部门或用人单位所属地人力资源部门签章。此项签章主要是为档案寄存和户口迁移之用。公有制单位通常有上级主管部门，但这里所指的“上级主管部门”是指享有进人指标和户口指标的省一级单位或政府所在地的中央直属单位，是以下单位的主管部门通常没有进人户口指标。非公有制单位的上级主管部门通常是指管理其单位员工人事关系的政府所属人力资源服务机构。因此，只要牵涉到毕业生户口档案关系转移的，都要到人力资源管理部门或其授权委托的部门签章，并办理接收函。
第四步，见证方签署意见，即系和学校签署意见。毕业生与用人单位在“四方协议”上签字盖章。协议已经成立，系和学校签证是为了保障毕业生的权益和监督协议双方守约，也是为了办理毕业生报到证和落实毕业生户口档案事项。毕业生必须将签好的就业协议书送回系里签署意见，后送校大学生就业指导中心审核并盖章。目前，如果不牵涉户口转移而内容有合法的，由系里签署意见就可以。在毕业生就业形势严峻和毕业生实习分散又有《劳动合同法》制约的特殊情况下，为了方便毕业生，有时系和学校先在四方协议上签了章。
第五步，“四方协议”由系和学校盖章登记后，学校留取一份，毕业生要将一份送交系里，一份送人事单位，一份由毕业生自己留存。如果毕业生在外地实习，可将签好的就业协议书的第三联邮寄给系里。