事业单位作为向全社会提供基本公共服务的载体和平台，在促进经济社会发展等方面起到了重要作用，但事业单位发展中的问题不但影响行政效能和公共服务效率，也严重地制约了行政管理体制改革。目前事业单位分类的改革已全面展开，但分类推进事业单位的改革还面临不少问题。
一、主要问题
当前,在传统计划经济体制下形成的事业单位不同程度地存在着一些与市场经济不能并轨的问题，制约了经济和社会的协调发展，以及人民群众对提供公共服务、公共产品的需要，同时也制约了政府职能的转变。具体表现为：
(一)管理体制不顺，监管制约不力。一方面由于事业单位部门所有、条块分割的管理结构，导致在机构设置、编制配备出现不尽合理的地方。有些事业单位因不适应经济和社会发展需要，职责任务、工作量都出现了不同程度的变化，职能萎缩，编制闲置，一定程度上存在机构庞杂、人员臃肿、人浮于事等现象。另一方面职能加强、任务增加部门的用编需求得不到调剂，特别是有利于推动经济发展保障和改善民生、维持社会和谐稳定等重点领域编制资源得不到动态调整，使得编制资源不能全面发挥其应有作用，阻碍了社会事业的发展。这些问题根源在于编制管理法津法规体系不尽完善。虽然近年来出台了一系列机构编制管理方面的条例和法规，但具体到事业单位机构设置、人员编制配备方面还是缺乏严格的控制措施。有些事业单位人员编制核定无操作标准和依据，只是根据当前的工作情况所谓的“量体裁衣”，致使主管部门要求设立事业单位编制核定时上下联系、左右攀比;有些事业单位设立以达标为要挟，以审批资金为“诱饵”，造成机构设置重复、职能交叉。不但增加财政负担，而且容易出现推委、扯皮现象。
(二)缺乏法人资格，阻碍自身发展。部分事业单位不具备独立的事业单位法人的资格，其任务由行政主管部门下达，办公地点不明确，人员混用，财务不分，行政机关人员兼任事业单位法人。这样的事业单位不能实现自主经营、自负盈亏，只能靠财政“吃饭”、政府“喂奶”、主管部门“输血”生存。致使事业单位服务功能弱化、萎缩，不同程度地阻碍了事业单位根据自己的特点，按照社会需要和市场经济规律寻求自身发展的步伐。
(三)政事、事企不分，工作效率不高。一是有些事业单位享受着事业单位的待遇，却从事着与政府部门一致的行政管理事务，甚至还拥有比一般政府部门更大的行政权力。一些并非法定承担政府职能的事业单位，执行着由主管部门直接或间接转移过来的行政职能。二是有的事业单位本身拥有执法权力，全部或者大部分受国家财政资金的供养，却仍然从事经营活动，既是运动员又是裁判员。三有些事业单位占用着国家资源，享受着财政扶持，却未充分有效地提供相应服务,积极公正地履行应尽职责。
(四)事业单位撤并难度大。按照事业单位分类的改革要求，对未按规定设立或原承担特定任务已完成的予以撤销;对布局结构不合理、设置过于分散、工作任务严重不足或职责相同相近的予以整合。部分事业单位将面临着撤并，人员编制核销、核减和安置。对应该撤销或整合的事业单位，很少有主管部门或事业单位自己主动提出进行撤销整合，而是以上级部门批资金、上项目等为理由，要求保持现有事业单位，或者一味强调本部门本单位的困难，反对撤销整合所属事业单位，加大了事业单位分类的改革工作难度。
(五)改革配套政策迟迟不能启动。事业单位分类的改革是一项复杂的系统工程，关系经济发展和社会稳定的大局，涉及事业单位广大职工的切身利益，如果在改革过程中没有养老保险、人员分流安置等完善的配套政策支持，广大职工的切身利益得不到社会保障，必然会影响社会稳定大局，致使改革难以达到预期的目标。目前人事制度、收入分配、社会保障、财政管理、转企改制等配套政策迟迟未能出台，成为制约改革顺利推进的瓶颈。
二、思考与建议
(一)调整规范机构设置，搞好清理整合。根据县级事业单位不同的类型、性质、运行机制以及发展趋势，按照事业单位清理规范的要求，进一步搞好清理整合。一是坚决撤销。随着经济和社会的发展，原有的一部分事业单位，有的职能萎缩甚至消失，已经无所作为;有的运转艰难，既无社会效益，也无经济效益;有的依靠财政拨款养人，终日无所事事;有的名存实亡，长期无人员、无资产、不运作。对这此事业单位予以撤销，其人员按政策进行妥善分流和安置。二是合理合并。有些事业单位规模过小，有的职能相近或交叉。对这类单位应在统筹规划的基础上予以合并。三是调整布局。对条块分割、重复设置的事业单位，应统筹兼顾，科学调整布局，裁长补短，优势互补，优化人力、财力、资产等资源配置。通过清理整合，逐步界定和规范事业单位的职责任务、机构名称、人员编制和经费形式。
(二)全力推进事业单位分类的改革。根据国家和省市对事业单位的有关分类标准，本着先易后难、分期分批、逐步推进的原则，对清理规范后的所属事业单位进行科学分类。行政类事业单位，依法调整界定职能任务，整合精简机构编制，严格规范管理。公益类事业单位，优化布局结构，完善运行机制，逐步实现举办单位主体的多元化。此类事业单位的管理办法，主要是政策引导、依法监督、搞好服务，重点管好其领导班子或法定代表人，监管其国有资产的
保值增值。经营类事业单位，按照事企分开的原则，借鉴国有企业改制的政策办法，搞好产权制度改革，实施改企转制，使其成为市场竞争主体和独立核算、自主经营、自负盈亏的经济实体，进一步增强自我发展的活力。
(三)赋予事业单位独立的法人地位。国务院《事业单位登记管理暂行条例》规定，未取得《事业单位法人证书》的，不得以事业单位名义开展活动。近年来，事业单位法人登记工作虽然得以全面推进，但其他配套政策法规滞后，事业单位仍处于主管部门的附属地位，与市场接轨的“准入证”作用也没能充分发挥，制约了事业单位的市场化进程。许多事业单位习惯于按主管部门的行政命令办事，对社会和市场的需求主动参与的少，不愿意面向社会寻求生存空间，造成事业单位社会化服务功能的缺位。因此必须建立健全事业单位法人治理结构，探索建立理事会、董事会、管委会等多种形式的治理结构。
(四)彻底解决合力不强的问题。在事业单位的改革中，政府职能部门、政府主管部门和事业单位这三者虽然都主张进行事业单位的改革，但改革的目标和方向并不一致。一般来说机构编制、人社、财政等政府职能部门主要是加强规范化管理，尽量控制或减少财政供养人员。而事业单位主管部门则往往是站在事业发展，同时也站在维护本位利益的立场上尽量保留和发展一些事业单位，在改革中常常充当事业单位的代言人和事业单位的改革协调者等角色。事业单位自身则希望通过改革在既得利益不变的情况下，尽可能多地增加财政供给，同时又能获得自主权。这三者难以形成合力。所以只有在充分调研和广泛征求意见的基础上，党委政府以壮士断腕的决心果断决策，才能在事业单位的改革形成合力。
(五)坚持以人为本的核心。改革必须注意维护社会的稳定和促进社会的和谐，不能给社会带来新的不稳定和不和谐因素，尤其不能象以往改革那样把“富余人员”推向社会。因此，需解决四个问题：一是根据国家社会保障制度建设的总体要求，积极推进事业单位的社会保障制度改革，全面建立事业单位养老保险制度;二是要解决好改革前后新老退休人员待遇的平稳过渡问题;三是进一步完善工作人员在机关、事业单位和企业之间流动时社会保险关系的转移和衔接办法，切实解决人员身份转换以及医疗保险金、住房公积金等保障问题;四是要解决好人员分流安置问题，认真研究以单位、行业为基础的，多层次、多种形式的人员安置政策，对达到一定年龄或工作年限的职工，研究较为宽松的提前退休政策。
(六)推动事业单位配套改革。一是逐步取消事业单位行政级别，实现事业单位职级制，推行职员制;二是探索实行公共财政“购买服务”新模式，可由社会提供的公共服务，通过公开招标、向有资质的社会组织“购买服务”;三是改变财政供给方式，告别单纯“以人定费”的形式，从“养人”转变为“养事”;四是鼓励与支持社会力量办公益事业，对社会力量兴办公益事业的，在设立条件、资质认定、职业资格与职称评定、税收政策和政府购买服务等方面与事业单位公平对待。
(七)管好盘活机构编制资源。在严格控制机构编制的前提下，按照“控制总量、盘活存量、优化结构、增减平衡”的要求，采取切实措施，核减职能减少、工作任务不饱和单位的人员编制。尽量把有限的编制资源向重大民生保障方面倾斜，向基层和一线倾斜，向关乎全局工作方面倾斜。