随着司法改革的进程不断深入，司法观念有了重大的变化，从把打击犯罪作为刑事司法制度的基本价值定位的一元片面的价值观转向加强对犯罪嫌疑人和被告人权利的保护的多元平衡的价值观，从偏重实体的公正观转向重视程序的公正观，从侦查中心的司法观转向审判中心的司法观，从查明事实的办案观转向证明事实的办案观，从偏重证明力的自然证据观转向强调可采性的社会证据观。上述这些转变必然带来刑事诉讼过程中的一些变化，因此在司法实践中下列一些问题需要解决。
一、证据采信问题
1、非法证据的排除问题
所谓违法证据就是以暴力、胁迫、利诱、欺诈、违法羁押等不正当方法取得被告人供述、被害人陈述、证人证言等言词证据和以违反法定程序的方法取得实物证据。所谓违法证据排除，主要是指在刑事诉讼中应当排除上述那些通过非法途径获取的证据。
现代任何国家的刑事诉讼法都禁止以违反法律的方式获取证据，然而对非法获得的证据能否获得证据能力，成为定案根据，却既有共识，又有不同的意见和相异的处置。
美国是实行非法物证排除规则的主要国家。它通过一系列判例确定通过违法的、无根据的搜查和没收所获得的证据，以及通过违法收集的证据发现、收集的证据（派生证据）均应排除。
英国、德国和法国等西方国家与美国的态度有区别，这些国家并不一般地排斥违法取得的物证。而是注意违法的严重程度以及排除违法证据对国家利益的损害程度，进行利益权衡，同时赋予法官一定程度的对于证据取舍的自由裁量权。
在我国学术界存在以下几种观点：
第一，主张把“非法取证行为”与“非法取得的证据”相区别，对于非法取证行为，可以采取行政手段进行处理，情节恶劣后果严重触犯刑法的，可以依照刑法追究刑事责任，但不能仅因手段非法而否定“客观事实”的证据价值。
第二，主张将非法获取的证据加以排除，认为凡是以违反诉讼程序的方法获得的证据，即使查证属实，也不能作为定案的根据。
第三，主张排除非法取证行为直接获得的证据，但可以以这些证据为线索，根据这一线索依合法的程序重新取证，即允许采纳所谓“毒树上的果实”为定案的根据。
我们认为，排除非法证据规则的意义在于在刑事诉讼中遏止非法取证的行为，而非法取证行为的动机是获取证据，只有针对这一动机消除非法取证行为的利益性，才能有效地消除非法取证行为。因此，第一和第三种观点不能取消非法取证的动机，也就难以遏制非法取证的行为。
2、瑕疵证据的完善问题
这里所说的瑕疵证据是指存在残缺因素可以通过补证弥补缺陷的证据，如证明被告人身份的证据，只有其身份证而没有其户籍地公安机关的证明，或者价格鉴定结论的依据不充分，没有被害人提供的物品购买发票等。身份证本身是公安机关核发给公民的证明其身份的合法有效的证件，但是现在社会上伪造身份证的情况大量存在，有些人为了违法犯罪，有些人因为年龄不到而想提前领取身份证，有些人为了一定的目的，都存在使用伪造的身份证的情况。在这种情况下，就必须对被告人的身份证做一个鉴定，认定它系公安机关核发的真实有效证件，这样才能作为确定其身份的依据。有些盗窃案件中，犯罪嫌疑人和被害人对失窃物品的描述是一致的，但是被害人提供不出原始的购买发票，价格鉴定结论仅依据被害人陈述提供的购买时间、品种、型号等而作出，这样的证据存在瑕疵，应当对被害人的陈述补充相应的证据，证实其陈述的真实性（如同事的证言、有关部门登记资料等），使之形成证据锁链，才能采信。对于被告人和被害人都认可，但确实无法提供鉴定详细依据的，可以只认定其犯罪事实而不计盗窃金额。