我国兽医防疫机构和队伍经过近几十年的建设和积累，已初具规模，相对完整，在控制动物疫病方面发挥着重要的、不可替代的作用。但目前来看，仍旧每年都有规模较大的动物疫病爆发和流行，特别是近些年来，猪高热病、猪瘟、高致病性禽流感、鸡瘟、口蹄疫、猪链球菌病等重大动物疫病时有发生，给广大人民的利益造成了巨大的损失。概括起来，问题主要出现在如下几个方面：
一、我国现行的防疫体制不够完善。
我国乡镇兽医站的管理模式主要有三种：一是三权归县，二是双层管理、以县为主，三是三权归乡、业务受县指导。根据调查的总体情况看，属于前两种方式占大多数，三权归乡的乡镇站占少部分，村级防疫管理趋于零。这种管理模式束缚了乡镇站的主动性，而且还产生了断头，急需要管理和指导的村级防疫却无人过问。使基层的动物防疫处于“悬空”状态，严重影响了动物疫病防治能力和动物产品质量安全水平的提高。
相关专家在对我国95个乡镇兽医站的调查中发现，约37-44%兽医站连房屋等硬件设施都没有，财政拨款仅占总收入的8.7%，防疫和检疫收入占48%，诊疗、兽药销售等经营性活动占37.8%，其它经营性活动仅占5.5%。大部分乡镇站基本上在没有财政支持的情况下维持运转并承担着防疫等政府职能，工作人员无法安心从事疫病防治管理，队伍不稳定，其瘫痪率在80%以上。
与此形成尖锐矛盾的是，农户散养比重大，畜禽流通量大，疫情复杂，基层防疫、检疫工作任务最为繁重，需要一支庞大的兽医执法防疫队伍。
二、基层防疫意识较差。
老百姓普遍存在侥幸心理，认为自己的猪或鸡没有发病，没有必要花冤枉钱去注射疫苗，看不到潜在的危险性，这样一旦发病不仅害了自己也害了别人更坑害了国家的利益。本来几元或十几元钱的疫苗就能解决的问题，为了节省这点小钱却造成了成千上万元的损失。例如，在20__年的猪高热病爆发期内，由于乡村的个体小养殖户的防疫意识较差，许多猪根本就没有进行最基本的免疫，导致许多小饲养户猪死亡率在50%以上，在有的地方猪的死亡率甚至在90%以上。而这些乡村小养殖户饲养的猪的数量(50头/户以下)约占调查样本村总的饲养量的62%。与此形成鲜明对比的是，规模化猪场由于防疫意识较强，损失要小很多，这充分证明了加强防疫和免疫的重要性。据统计，规模化饲养场由于有自己的兽医队伍，防疫密度大都能达到95%以上，而一般散养农户仅为60%，钉子户和拒注户较多，但又缺乏对这些钉子户的强制管理措施。通过对240家1000头以下的猪场调查发现，免疫程序不到位的占30%、消毒不规范的占22%、养殖场环境差的占27%、防疫药物质量不好的占22%，这些都是疫病发生的隐患，因而必须要提高基层饲养户的防疫意识。散养农户的强制免疫和产地检疫既是当前防疫工作的弱点，也是下一步继续开展工作的重点和难点所在。
三、趋小利而不顾大局。
每当动物疫病爆发时，由于政府的补贴不到位，老百姓的普遍做法是，尽快地把患病的动物卖掉而不是做掩埋和焚烧等无公害处理。而购买者可能来自屠宰厂，也可能是来自周边或几千公里之外的养猪场，无论是哪一种购买者，都会导致疫病的大面积传播，造成不可估量的损失。
四、现行母猪补贴中存在的问题。
由于20__年猪高热病造成的巨大损失，国家为了促进养猪业的发展，按每头母猪补助100元。这其实是一项好的政策，但许多人为了多拿钱，采用了以下不正当的手段：一是采用虚报母猪数量，把自己的母猪数量按2倍或几倍地向上虚报，据调查几乎90%的猪场有这种违规现象；二是把肥育猪当成母猪向上虚报。
既然达不到母猪补贴的预期目的，不如取消母猪补贴，把这笔钱用于完善和建立有效的基层防疫体系、搞好科技普及教育、提高基层人员的防范意识，从“根”上解决问题。另外，养猪生产遵从的也是市场价值规律，猪肉价格高就会刺激更多的人向该领域投入，使养猪数量增加，这样一来猪肉价格会逐步回落，完全不需要政府的干预。政府应该把钱用在刀刃上，而不是象撒胡椒面那样到处乱撒，达不到预期的目的。
针对这些问题，提出如下建议：
（一）、建立完善乡村级防疫体制。防疫体系出现的漏洞，说到底是“机构”和“经费”的问题。由于机构不健全，经费无保障，基层防疫人员没有工资、得不到培训、基础设施缺乏，导致最需要得到关注的基层防疫工作难以落实。因此，国家应制定政策，将乡村级防疫列入财政拨款范畴，用于乡村级防疫员的工资（依地区而定工资标准）、培训和相应的配套设施的建立和购置。这笔费用看起来不小，但与造成的损失相比，可算是九牛一毛。基层防疫体系的建立是一项长期的利国利民的回报性工程，各政府部门要权衡利弊，尽早行动起来。
县畜牧局有义务对乡村级动物防疫员(村兽医)进行职业技能培训，通过考核，将取得《培训合格证书》。以获证人员为基础组建乡村级动物防疫和应急扑疫预备队伍，为建立和完善“县—乡—村”三级防疫网络体系打下扎实的基础。针对当前畜禽养殖向专业化方向发展，饲养量大、饲养品种多和重大动物疫病的防控工作难等问题，为确保畜牧业健康发展，弥补乡镇的畜牧兽医队伍力量不足的现状，必须要建立村级动物防疫体系。每村的防疫员至少1名，同时要对乡村级防疫员进行监控，根据当年的疫病发生和控制情况以及对当地养殖户的走访来判断其是否合格，对不称职的防疫员应立即撤换。只有这样才可彻底地解决乡村级防疫体制中出现的“真空”问题。
（二）、加强疫病防范意识的宣传和教育。动物疫病的传播和扩散无地域性限制，因而动物的疫病防治是一个全局性的问题。如果99%的地方疫病防治工作到位，而只有1%的地方没到位，那么这就象一片野火，将可能烧遍全国甚至全球（如禽流感）。因而，政府要大力加强对疫病防范意识的宣传和教育。
（三）、提高动物疫情扑杀补助标准。提高对重大疫病发生期间所屠宰的疑似动物的赔偿力度，使饲养者得到的补偿高于以病死的方式卖给不法收购者的价格。确保扑杀及各类防控措施到位，确保疫情不扩散。若发现故意把病畜禽卖给其他饲养者，购买者有权向售出者索赔，同时售出者要负一定的法律责任。为了解决这个问题，售出的动物皆要通过检疫部门的检疫（特别是在疫病的爆发和流行期内），这样一来可以有效地控制疫病的传播。
（四）、完善防疫工作体制。动物防疫队伍素质，直接影响动物防疫工作的成效，决定着动物防疫工作的水平和效率。加强动物防疫队伍和能力建设，建立起一支与发展现代畜牧业相适应的动物防疫队伍，是一项重要而紧迫的任务。各地应建立省、市、县三级兽医行政管理机构、行政执法机构和技术支撑机构，完善乡（镇）畜牧兽医站机构和职能，健全强化乡村级动物防疫网络，配备村级动物防疫员。
要实现执法与服务的分离，将执法职能单独分离出来，纳入行政系列：执法人员转为国家官方兽医，服务职能纳入技术推广和服务系列；兽医人员转为从业兽医，逐步走向市场。对动物产品的生产要素进行全程监控，使兽医管理工作覆盖动物饲养、屠宰加工和流通全过程。同时要加大检疫监督工作，规范执法行为，加强动物疫病监测体系建设，及时发现、上报和处置疫病，减少疫病损失。进一步健全各级兽医行政、执法、技术支持三类机构，理顺职能，完善机制，逐步形成政府主导、社会参与、统一规范、透明高效的兽医管理体制和运转机制。
五、加强动物卫生监督执法。
加强检疫规范化管理，提高产地检疫和屠宰检疫执法水平，有效解决产地、运输检疫、家禽检疫等薄弱问题，防止病害动物及动物产品进入市场。开展动物及动物产品流通监管专项整治，加强活畜交易、屠宰、运输监管，特别是对外调动物及动物产品真正执行报批报检制度，严厉打击逃避检疫和运输、加工、贩卖病死动物及动物产品的违法行为。做好边境、边界动物及其产品的免疫、检疫和设卡消毒工作，有效防止外疫传入。