事业单位登记管理从试点到正式运行已经十多年了，虽然相关工作逐步规范，现正推行登记档案规范管理，实行网上登记，整个登记管理工作正在向着进一步规范和提升的方向迈进，但目前还是有些不尽人意的地方，具体表现在事业单位登记热情不高，登记质量不高，管理监督力度不大，这些问题如不能解决，将直接影响登记管理工作和事业单位的可持续发展，分析其原因主要表现在以下三个方面：
第一、事业单位独立性差是长期困扰法人登记的瓶颈。有的单位财务不独立，还是由其主管部门管理，或者财政部门为了工作的需要只认可部门统一预算管理；有的工作难自主；有的有职无权或责权脱钩；有的从业人员少，其法人资格值得考量，难免使法人登记难规范。正是如此部分单位认为登记实质作用不大，“登记”和“不登记”对事业单位运行的影响不大，尤其是公益性强和具有行政职能的事业单位更是如此。
第二、执法监督管理职能弱是滞阻登记管理的关键。《事业单位登记管理暂行条例》赋予登记管理机关的监督职能太弱，对《事业单位法人证书》的监管很大程度上依赖于职能部门的协作和制约，缺乏监督管理的自主性、强制性和决定性作用。
第三、管理机制不完善是当前登记管理乏力的根本。登记管理法律依据不够完善，《事业单位登记管理暂行条例》一直在“暂行”中，监督手段操作性不强。而且目前年检的法定时间相对较短，法定代表人的管理滞后，单位资产（开办资金）变更频繁等都值得探讨和研究。
针对目前工作现状，面对工作中存在的这些问题，应该怎样克服和解决，怎样使从事的工作有味、有为且有位，需要增强法律意识、责任意识和创新意识，除了抓好登记管理宣传教育和工作队伍建设以外，更要创新工作思路，进一步推进登记管理规范化。因此提出以下几点建议：
一、突出三个重点，创新工作方法
1、进一步加强行政执法。坚持开展联合执法检查，联合人大内司委、政府法制办及有关职能部门开展登记管理执法检查，根据实际情况制定检查的范围和内容。实施“行政执法通知”制度，作为日常监督手段，对违反有关法规要求的行为进行及时通知整改，对情节严重的依法进行处理。
2、进一步加强证书监管。对涉及《事业单位法人证书》（以下简称《证书》）监管的相关职能部门进行走访和联络，同时对上级有关政策进行广泛宣传，共商监管举措。确定《证书》监管联络员，以编委名义聘任，坚持一年召开一次会议，一年进行一次检查，更好地落实证书使用制度。同时，制定事业单位印章管理办法，明确事业单位的印章由事业单位登记管理机关制发。
3、进一步加强法人代表管理。建立健全事业单位法人代表监督管理办法，抓好法人代表教育管理，建立定期或不定期组织法人代表学习培训制度，不断提高法人代表队伍的政策水平和综合素养。建立法人代表任期经济责任审计，对异动变更的，及时由管理机关和审计部门联合审计，对未进行审计的不予受理年检。通过抓“一把手”工程，增强工作执行力。
二、增强四种意识，创新运行机制
一是增强质量意识。严格按照《事业单位登记管理暂行条例》及《事业单位登记管理暂行条例实施细则》的要求，努力提高登记管理和年检年审的工作质量，致力“四求”，即程序上求规范、监督上求依法、材料求充实、管理上求实效，达到“四统一”，即统一专用印章、统一执法公文、统一材料要求、统一质量标准。
二是增强责任意识。在工作上强化以主管部门、乡镇为主进行督促落实。
三是增强统筹意识。从工作部署上力避上年忙下年闲、一年为年检的工作格局，坚决避免把登记管理作为阶段性的工作去抓，按轻重缓急，以年检年审、登记管理、行政执法、档案内务管理四条主线进行，全年统筹规划，力争出效果、出特色。从工作管理上把登记管理与机构编制管理有机结合起来，事业机构的设立、撤并、职能调整以及主要负责人的调配等都必须与事业单位登记挂钩，相互协作，齐抓共管。
四是增强法律意识。登记管理是一项行政执法工作，要使全社会都树立法人意识、法律意识，要以行政执法手段推进法人登记管理，真正变“要我登记”为“我要登记”。有意识地抓好登记管理行政执法和监督工作，落脚点放在证书使用、牌章规范、法人运行、社会信用、实际效用上。
三、围绕六个目标，推进规范管理
从工作实际出发制定“六化”目标内容，推进规范化管理。即：①登记程序化。规范和完善设立登记、变更登记、注销登记程序，年检年审程序，用示意图形式对外公开，严格按程序办事，接受社会监督。②管理法制化。制定行政执法责任制实施办法，行政执法过错责任追究办法，行政许可项目实施
办法，行政效能监察制度，推进依法行政，用法律手段推动登记管理工作。③监督常态化。把年检年审作为监督的重要手段，确实抓紧抓好，建立联合执法检查机制，长期执行行政执法通知制度，确定职能部门监管联络员，把监督手段贯穿于登记管理始终，不断完善日常监督机制。④服务具体化。开展上门服务活动，咨询服务活动，评先评优活动，强化服务意识，依法保护事业单位法人合法权益。⑤档案科学化。建立文本档案，电子档案，长期和日常管理台帐，完善软件系统管理，建立方便、科学、快捷的登记管理档案，提高档案质量和利用效能。⑥内务制度化。建立健全各项规章制度，力求按制度办事，用制度管事。